Sau khi hoàn thành, đường dây 500kV Bắc – Nam mạch 1 được bàn giao cho các Công ty Điện lực 1, 2, 3 quản lý. Đến năm 1995, ngành điện thay đổi cơ cấu tổ chức, thành lập Tổng Công ty Điện lực Việt Nam (nay là Tập đoàn Điện lực Việt Nam), tách các Sở Truyền tải điện ra khỏi các Công ty Điện lực để thành lập các Công ty Truyền tải Điện 1, 2, 3, 4. Đường dây 500kV Bắc – Nam mạch 1 và các trạm biến áp của nó được giao cho các Công ty Truyền tải Điện quản lý, cụ thể như sau:

• Công ty Truyền tải Điện 1: Quản lý các trạm biến áp Hà Tĩnh, Hòa Bình và 955 vị trí cột với tổng chiều dài đường dây là 406 km từ Đèo Ngang đến Hòa Bình.
• Công ty Truyền tải Điện 2: Quản lý trạm biến áp Đà Nẵng và 1352 vị trí cột với tổng chiều dài đường dây là 587 km từ Hà Tĩnh đến Pleiku.
• Công ty Truyền tải Điện 3: Quản lý trạm biến áp Pleiku và 708 vị trí cột với tổng chiều dài đường dây là 314,5 km từ Pleiku đến Đắc Nông.
• Công ty Truyền tải Điện 4: Quản lý trạm biến áp Phú Lâm và 421 vị trí cột với tổng chiều dài đường dây là 183 km từ Đắc Nông đến Phú Lâm.

Trong quá trình vận hành, đã xảy ra một số sự cố sạt lở móng cột do mưa, bão ở Phước Sơn, Đắc Lây, Đắc Nông, Krôngnô. Các sự cố trạm nghiêm trọng là sự cố cháy pha C máy biến áp 500kV tại trạm Hòa Bình vào ngày 26/4/2000 do sét đánh và sự cố cháy pha B máy biến áp 500kV tại trạm Đà Nẵng vào ngày 18/8/2007.

Công tác bảo vệ an ninh cho việc quản lý vận hành đường dây cũng đã được đặt ra ngay từ khi đóng điện vận hành dựa trên sự phối hợp giữa các Bộ Năng lượng[2], Bộ Nội vụ và Bộ Quốc phòng với các Ban chỉ đạo bảo vệ đường dây tại các tỉnh có đường dây đi qua. Dọc tuyến đường dây có bố trí 342 chốt gác, mỗi chốt cách nhau từ 5 km đến 10 km tùy theo địa hình với khoảng 1500 người ở các địa phương tham gia.